据教育部科技委提供的资料，未来10-20年内，高等学校科技工作的重点要围绕全面建设小康社会的宏伟目标，特别是要为我国增强自主创新能力和提高人才竞争力发挥重大作用。
　　战略目标是：以落实科教兴国、人才强国和可持续发展战略为主线，以实施《大学科技创新工程》为契机，从总体上解决科技发展的布局、体制和机制问题，建立适合我国国情的高等学校科技创新体系，形成新格局，开创新局面，为现代化建设作出重大贡献。
　　大体设想分两步走：
　　第一步，2010年前，注重优化结构、改善体制、凝练目标、重点突破，为国家现代化建设提供基本的人才支持和一批科技成果，奠定高等学校科技创新体系的新格局。具体奋斗目标是：
　　1.基本建立起适应社会主义市场经济发展，符合科技、教育自身规律，与经济建设和人才培养密切结合的科技工作新体制。
　　2.形成产学研结合的有效机制，全方位多层次面向经济社会发展服务的新格局。取得一批有重大经济社会效益的科技成果，发明专利年获准量比2000年翻两番，成果转化率和贡献率有显著提高。建立和办好100个左右国家工程（技术）研究中心，几百个地区、行业或大企业（集团）合作的各类创新中心；分流部分科技人员创办100个左右大学科技园、技术转移中心等多种形式孵化器。
　　3.形成一支精干的基础研究队伍，办好一批知识创新重点基地。建设办好150个左右国家重点实验室和200个左右教育部重点实验室，争取创建若干个高水平的国家实验室和大学研究院。
　　4.形成人才辈出的良好环境。造就大批年轻新秀，其中上万名成为教学、科研骨干人才，上千名成为学科带头人或学术带头人，国内外招聘500名左右世界水平的领衔教授。
　　第二步，到2020年，要全面提高、协调发展，造就一批世界水平的学科和大学，涌现一批世界水平的人才和创新成果，形成高等学校支撑和服务于国家整体发展与建设的新局面。战略目标大体设想为：
　　1.整个高等教育和科学技术水平有较大提高，能适应各行各业对各类专门人才和知识、技术的需求。其中50所左右办成各具特色的高水平研究型大学，若干所成为世界一流水平的现代化大学。
　　2.培养人才和科学研究的条件、环境大大改善。形成一批高水平的研究基地，其中若干个争取成为世界著名的学术中心。造就一大批年轻拔尖人才，涌现上百名有重大科技成就的杰出科学家。凝聚一批能攀登科技高峰、承担国家重大科技任务的优秀团队。
　　3.在基础研究和高水平探索方面争取有若干重大突破，达到向世界最高奖项冲击的水平。取得一大批在国民经济和社会发展中具有重要应用价值的科技成果，发明专利获准量比2010年再翻两番，并大幅度提高成果转化率和专利实施率。
　　为实现上述战略目标，必须加快高校改革步伐。不同性质的科技实体要实行不同的运转管理体制。大体可分为三类实体与运行管理模式：
　　第一类，研究型科技实体。采取与研究生教育一体化的体制，按照职责明确、评价科学、开放有序、管理规范的原则，建立现代科研院所制度；
　　第二类，开发型科技实体。采取产学研紧密结合的体制，实行市场导向、技术推动、自主发展、自我约束机制；
　　第三类，产业型科技实体。采取企业体制，实行现代企业制度，在明晰产权关系和各方责权利基础上，校企分离，所有权与经营权分开。
　　不同类型的科技工作，实行不同的科学的评价制度。基础研究评价要突出研究思想、知识创新成果；高技术研究评价要突出技术创新，把发明专利作为重要衡量指标；应用性强的研究项目，应强调注重实际应用效果，淡化中间成果鉴定评价。