1998年12月24日教育部正式出台文件《面向21世纪教育振兴行动计划》，“行动计划”建设正式开始启动。文中明确了行动计划的主要目标是：到2000年，全国基本普及九年义务教育，基本扫除青壮年文盲，大力推进素质教育；完善职业教育培训和继续教育制度，城乡新增劳动力和在职人员能够普遍接受各种层次和形式的教育与培训；积极稳步发展高等教育，高等教育入学率达到11%左右；瞄准国家创新体系的目标，培养造就一批高水平的具有创新能力的人才；加强科学研究并使高校高新技术产业为培育经济发展新的增长点作贡献；深化改革，建立起教育新体制的基本框架，主动适应经济社会发展。到2010年，在全面实现“两基”目标的基础上，城市和经济发达地区有步骤地普及高中阶段教育，全国人口受教育年限达到发展中国家先进水平；高等教育规模有较大扩展，入学率接近15% ，若干所高校和一批重点学科进入或接近世界一流水平；基本建立起终身学习体系，为国家知识创新体系以及现代化建设提供充足的人才支持和知识贡献。

　　文件指出：继续并加快进行“ 211 工程”建设，大力提高等学校的知识创新能力。1995年启动的“211工程”，重点建设一批高等学校和一批学科，已经为我国创新人才的培养和国家创新体系的建设奠定了重要基础。“九五”期间，进入实质性建设阶段。要保证2000 年切实完成“211工程”首期计划并在此基础上启动二期计划，以进一步提高高校知识创新能力和科学研究水平。“211工程”二期计划建设资金仍采取国家、部门、地方和高等学校共同筹集的方式。其中，中央专项投入部分的力度至少与首期计划持平，主要用于加大已立项的重点学科建设力度。同时加强项目管理，提高资金使用效益。

　　文件同时指出：创建若干所具有世界先进水平的一流大学和一批一流学科。 建设世界一流大学，具有重大的战略意义。按照江泽民同志在北京大学百年校庆大会上讲话的精神，“为了实现现代化，我国要有若干所具有世界先进水平的一流大学”。经过长期的建设和积累，我国少数大学在少数学科和高新技术领域已达到和接近国际先进水平，拥有一批高水平的教授，尤其是本科生培养质量较高，为创建世界一流大学创造了条件。国际上一流大学都是经过长期的建设形成的。一流大学建设要有政府的支持、资金的投入，但更重要的是学校领导、教师、学生长年累月辛勤奋斗的结果。特别是学生毕业以后在国家的各个建设岗位上乃至在国际上体现出了公认的信誉。同时这种学校集中有一大批知名的学者教授。因此，办成一流的大学，需要有一定的历史过程，要经过社会实践的考验。对此，既要有雄心壮志，又必须脚踏实地。要相对集中国家有限财力，调动多方面积极性，从重点学科建设入手，加大投入力度，对于若干所高等学校和已经接近并有条件达到国际先进水平的学科进行重点建设。今后 10-20 年，争取若干所大学和一批重点学科进入世界一流水平。

　　依照文件精神，从1999年7月起，陆续有北京大学、清华大学、上海交通大学、复旦大学、浙江大学、南京大学等9所重点建设高校与地方政府签订了共建协议，开始1999–2001年“教育振兴行动计划”建设。

　　2004年2月10日教育部在2004年03月31日《人民日报》第十一版全文刊出了题为“2003– 2007年教育振兴行动计划 ”的文章，预示着“行动计划”二期建设的即将开始。文中介绍了二期建设的主要内容和范围，包括：重点推进农村教育发展与改革；重点推进高水平大学和重点学科建设；实施“新世纪素质教育工程”；实施“职业教育与培训创新工程”；实施“高等学校教学质量与教学改革工程”；实施“促进毕业生就业工程”；实施“教育信息化建设工程” ；实施“高素质教师和管理队伍建设工程”等 14 个方面。